Evolution, Ecologie et Paléontologie
( Evo-Eco-Paléo )
 

Unité Mixte de Recherche UMR 8198

Sophie Gallina

Sophie Gallina

IR CNRS

Equipe Evo-Eco

Plateau : Service Informatique

Unité Evo-Eco-Paléo (EEP) - UMR 8198
CNRS / Université de Lille - Sciences et Technologies
Batiment SN2, bureau 107 BIS
59655 Villeneuve d'Ascq - FRANCE
Tel : 33 (0)3-20-33-62-45

 

Mail : Sophie.Gallina@univ-lille1.fr

 

    

 

Activités : Analyse de données NGS dans le contexte de l'évolution moléculaire et de la génomique des populations. Implication dans la plateforme lilloise de bioinformatique et de bioanalyse (bilille https://wikis.univ-lille1.fr/bilille)

Mots clés : Bioinformatique, Génomique, NGS, Calcul Haut-Débit

Bref CV :

2010-2017 : Responsable du plateau de bioinformatique, UMR8198 Évolution, Écologie, Paléontologie

1996-2010 : Responsable du plateau de bioinformatique, UMR8090 Génomique et Physiologie moléculaire des maladies métaboliques

1983-1992 : Ingénieur en développement système, plusieurs SSII

1997 : DU Biostatistiques appliquées à la recherche clinique et à l'épidémiologie

1994 : DEA Intelligence Artificielle Paris 8

Publications représentatives :

Saumitou-Laprade, P.; Vernet, P.; Vekemans, X.; Billiard, S.; Gallina, S.; Essalouh, L.; Mhaïs, A.; Moukhli, A.; El Bakkali, A. Barcaccia, G.; Alagna, F.; Mariotti, R.; Cultrera, N.; Pandolfi, S.; Rossi, M.; Khadari, B.; Baldoni, L. (2017) Elucidation of the genetic architecture of self-incompatibility in olive: evolutionary consequences and perspectives for orchard management. Evolutionary Applications, 1-14.

Tsuchimatsu, T.; Goubet, P.; Gallina, S.; Holl, A.C.; Fobis-Loisy, I.; Berges, H.; Marande, W.; Prat, E.; Meng, D.; Long, Q.; Platzer, A.; Nordborg, M.; Vekemans, X.; Castric, V. (2017) Patterns of polymorphism at the self-incompatibility locus in 1,083 Arabidopsis thaliana genomes. Molecular Biology and Evolution, 34:1878-1889.

Durand, E.; Méheust, R.; Soucaze, M.; Goubet, P.; Gallina, S.; Poux, C.; Fobis-Loisy, I.; Guillon, E.; Gaude, T.; Sarazin, A.; Figeac, M.; Prat, E.; Marande, W. Bergès, H.; Vekemans, X.; Billiard, S.; Castric, V. (2014) Dominance hierarchy arising from the evolution of a complex small RNA regulatory network. Science, 346:1200-1205.

Goubet, P.; Bergès, H.; Bellec, A.; Prat, E.; Helmstetter, N.; Mangenot, S.; Gallina, S.; Holl, A.-C.; Fobis-Loisy, I.; Vekemans, X.; Castric, V. (2012) Contrasted patterns of molecular evolution in dominant and recessive self-incompatibility haplotypes in Arabidopsis. PLoS Genetics, 8:e1002495.

Arrabito L, Bouvet D, Camarasu−Pop S, Cardenas Y, Clémentin N, Cordier H, Gallina S, Garnier J, Gay P, Glatard T, Hamar V, Lavalley C, Mathieu G, Sapunov M, Ferreira da Silva R, Tsaregorodtsev A. Instance nationale et multi−communauté de DIRAC pour France Grilles 2012 Poster SUCCESS France Grilles

Dina C, Meyre D, Gallina S, Durand E, Körner A, Jacobson P, Carlsson LM, Kiess W, Vatin V, Lecoeur C, Delplanque J, Vaillant E, Pattou F, Ruiz J, Weill J, Levy-Marchal C, Horber F, Potoczna N, Hercberg S, Le Stunff C, Bougnères P, Kovacs P, Marre M, Balkau B, Cauchi S, Chèvre JC, Froguel P. Variation in FTO contributes to childhood obesity and severe adult obesity. Nature Genetics 2007 Jun;39(6):724-6.