Evolution, Ecologie et Paléontologie
( Evo-Eco-Paléo )
 

Unité Mixte de Recherche UMR 8198

Sophie Gallina

GALLINA Sophie

Status IR CNRS

Equipe(s) : Evo-Eco

Groupe(s)

Unité Evo-Eco-Paléo (EEP) - UMR 8198
CNRS / Université de Lille
Cité Scientifique, Bâtiment SN2, NIV 1, 116
59655 Villeneuve d'Ascq - FRANCE
Tel : 03.20.33.62.45

Mail : sophie.gallina@univ-lille.fr

    

 

Activités : Analyse de données NGS dans le contexte de l'évolution moléculaire et de la génomique des populations. Implication dans la plateforme lilloise de bioinformatique et de bioanalyse (bilille https://wikis.univ-lille.fr/bilille)

Mots clés : Bioinformatique, Génomique, NGS, Calcul Haut-Débit

Bref CV :

2010-        : Responsable du plateau de bioinformatique, UMR8198 Évolution, Écologie, Paléontologie

1996-2010 : Responsable du plateau de bioinformatique, UMR8090 Génomique et Physiologie moléculaire des maladies métaboliques

1983-1992 : Ingénieur en développement système, plusieurs SSII

1997 : DU Biostatistiques appliquées à la recherche clinique et à l'épidémiologie

1994 : DEA Intelligence Artificielle Paris 8

Publications représentatives :

Varré JS, D'Agostino N, Touzet P, Gallina S, Tamburino R, Cantarella C, Ubrig E, Cardi T, Drouard L, Gualberto JM, Scotti N. (2019) Complete Sequence, Multichromosomal Architecture and Transcriptome Analysis of the Solanum tuberosum Mitochondrial Genome. Int J Mol Sci. 2019 Sep 26;20(19). pii: E4788. doi: 10.3390/ijms20194788.

Legrand S, Caron T, Maumus F, Schvartzman S, Quadrana L, Durand E, Gallina S, Pauwels M, Mazoyer C, Huyghe L, Colot V, Hanikenne M, Castric V. Differential retention of transposable element-derived sequences in outcrossing Arabidopsis genomes.Mob DNA. 2019 Jul 17;10:30. doi: 10.1186/s13100-019-0171-6. eCollection 2019.

Karam MJ, Souleman D, Schvartzman MS, Gallina S, Spielmann J, Poncet C, Bouchez O, Pauwels M, Hanikenne M, Frérot H. Genetic architecture of a plant adaptive trait: QTL mapping of intraspecific variation for tolerance to metal pollution in Arabidopsis halleri. Heredity (Edinb). 2019 Jun;122(6):877-892. doi: 10.1038/s41437-019-0184-4. Epub 2019 Jan 22.

Martin H, Carpentier F, Gallina S, Godé C, Schmitt E, Muyle A, Marais GAB, Touzet P. Evolution of Young Sex Chromosomes in Two Dioecious Sister Plant Species with Distinct Sex Determination Systems. Genome Biol Evol. 2019 Feb 1;11(2):350-361. doi: 10.1093/gbe/evz001.

Saumitou-Laprade, P.; Vernet, P.; Vekemans, X.; Billiard, S.; Gallina, S.; Essalouh, L.; Mhaïs, A.; Moukhli, A.; El Bakkali, A. Barcaccia, G.; Alagna, F.; Mariotti, R.; Cultrera, N.; Pandolfi, S.; Rossi, M.; Khadari, B.; Baldoni, L. (2017) Elucidation of the genetic architecture of self-incompatibility in olive: evolutionary consequences and perspectives for orchard management. Evolutionary Applications, 1-14.

Tsuchimatsu, T.; Goubet, P.; Gallina, S.; Holl, A.C.; Fobis-Loisy, I.; Berges, H.; Marande, W.; Prat, E.; Meng, D.; Long, Q.; Platzer, A.; Nordborg, M.; Vekemans, X.; Castric, V. (2017) Patterns of polymorphism at the self-incompatibility locus in 1,083 Arabidopsis thaliana genomes. Molecular Biology and Evolution, 34:1878-1889.

Durand, E.; Méheust, R.; Soucaze, M.; Goubet, P.; Gallina, S.; Poux, C.; Fobis-Loisy, I.; Guillon, E.; Gaude, T.; Sarazin, A.; Figeac, M.; Prat, E.; Marande, W. Bergès, H.; Vekemans, X.; Billiard, S.; Castric, V. (2014) Dominance hierarchy arising from the evolution of a complex small RNA regulatory network. Science, 346:1200-1205.

Goubet, P.; Bergès, H.; Bellec, A.; Prat, E.; Helmstetter, N.; Mangenot, S.; Gallina, S.; Holl, A.-C.; Fobis-Loisy, I.; Vekemans, X.; Castric, V. (2012) Contrasted patterns of molecular evolution in dominant and recessive self-incompatibility haplotypes in Arabidopsis. PLoS Genetics, 8:e1002495.

Arrabito L, Bouvet D, Camarasu−Pop S, Cardenas Y, Clémentin N, Cordier H, Gallina S, Garnier J, Gay P, Glatard T, Hamar V, Lavalley C, Mathieu G, Sapunov M, Ferreira da Silva R, Tsaregorodtsev A. Instance nationale et multi−communauté de DIRAC pour France Grilles 2012 Poster SUCCESS France Grilles

Dina C, Meyre D, Gallina S, Durand E, Körner A, Jacobson P, Carlsson LM, Kiess W, Vatin V, Lecoeur C, Delplanque J, Vaillant E, Pattou F, Ruiz J, Weill J, Levy-Marchal C, Horber F, Potoczna N, Hercberg S, Le Stunff C, Bougnères P, Kovacs P, Marre M, Balkau B, Cauchi S, Chèvre JC, Froguel P. Variation in FTO contributes to childhood obesity and severe adult obesity. Nature Genetics 2007 Jun;39(6):724-6.